Die Geschichte der Kirchgemeinde
Die Kirchengeschichte des Schlattertals wird das erste Mal im Jahr 1162 dokumentarisch erwähnt – dort, wo heute die Kirche steht, befand sich damals eine Margarethenkapelle, welche zum Kloster Ittingen gehörte. Ebenfalls stand in Mettschlatt eine Niklausenkapelle.
In den beiden Kapellen wurde hie und da eine Messe verlesen, doch einen eigenen Pfarrer besass Schlatt zur damaligen Zeit noch nicht. Die Einwohner der oberen Gemeinde besuchten den Gottesdienst in Stammheim, diejenigen der unteren Gemeinde in Laufen am Rheinfall.
Während der Reformationszeit schlossen sich Schaffhausen und Diessenhofen dem neuen Glauben an und forderten die umliegenden Dörfer dazu auf, es ihnen gleich zu tun. Ab 1529 wurde Schlatt offiziell zur reformierten Gemeinde. Bis zum Jahr 1769 jedoch amtete in Schlatt weiterhin kein eigener Pfarrer, die Gemeinde wurde von einem Geistlichen aus Basadingen betreut. Im Februar 1769 reiste eine Delegation unter der Führung eines Schultheiss Wepfer von Diessenhofen nach Zürich, um den dortigen Rat vom Vorteil einer Pfarreistelle Schlatt zu überzeugen. Diese Bitte wurde gewährt, so dass mithilfe von gesammeltem Geld ein eigener Pfarrer angestellt werden konnte. Seit damals ist die Gemeinde ununterbrochen mit einer Pfarrstelle besetzt.
Die Kirche
Die reformierte Kirche wurde 1714 auf dem Grundstück der abgebrochenen Margarethenkapelle erbaut. Aus eben dieser Kapelle stammt vermutlich auch der Taufstein. Erst 1906 wurde die Kirche das erste Mal geheizt, als man einen Ofen eingebaut hatte. Die Orgel wurde während der Kirchenrenovation 1922 eingeweiht und auch die Kirchenfenster, gestaltet von einem Kunstmaler aus Diessenhofen, wurden damals eingebaut. Die heutige Kirche in Schlatt sieht also heute immer noch ähnlich aus, wie sie vor gut 85 Jahren ausgesehen hat.